Liceul Teologic Baptist "Emanuel" şcolarizează elevi pe trei nivele de învăţământ: primar, gimnazial şi liceal.

În cadrul învăţământului primar (clasa pregătitoare-IV) există două clase de 25 elevi pentru fiecare an de studiu. Planurile cadru şi curriculum-ul sunt cele valabile pentru clasele pregătitoare-IV din învăţământul preuniversitar de stat, elevii care termină clasa a IV-a având posibilitatea să se înscrie în clasa a V-a la orice şcoală din România.

Învăţământul gimnazial (V-VIII) cuprinde câte două clase de 28 elevi pentru fiecare an de studiu, programa şcolară şi planurile de învăţământ fiind cele specifice învăţământului preuniversitar de stat din România. Elevii claselor a VIII-a susţin evaluările naționale conform legislaţiei în vigoare și se pot înscrie la orice liceu sau şcoală de arte şi meserii din România, în conformitate cu metodologia elaborată de Ministerul Educaţiei, Cercetării şi Inovării.

La învăţământul liceal (IX-XII) funcţionează două filiere: vocaţională şi teoretică. La nivelul fiecărui an de studiu există o clasă (28 elevi) cu specializarea teologie baptistă în cadrul filierei vocaţionale şi o clasă (28 elevi) cu specializarea matematică-informatică în cadrul filierei teoretice.

La specializarea teologie baptistă se studiază, pe de o parte, obiectele specifice profilului umanist de la liceele din România - limba şi literatura română, literatură universală, limba engleză, limba franceză, istorie, geografie - astfel încât elevii absolvenţi să aibă posibilitatea de a se înscrie la orice facultate de profil din ţară sau străinătate. Pe de altă parte, în conformitate cu specificul şcolii, se studiază discipline teologice specifice cultului baptist, care să permită elevilor să se înscrie la facultăţile de teologie baptistă.
Diploma de Bacalaureat care se eliberează absolvenţilor de la specializarea teologie baptistă permite înscrierea acestora la orice facultate din România sau din străinătate.

Specializarea matematică-informatică se înscrie în filiera teoretică specifică liceelor din ţara noastră, iar la sfârşitul studiilor, în urma susţinerii unui examen în cadrul şcolii, absolvenţii primesc Atestatul de competenţe profesionale, dobândind competenţe de operare pe calculator.
Diploma de Bacalaureat care se eliberează absolvenţilor de la specializarea matematică- informatică permite înscrierea acestora la orice facultate din România sau din străinătate.