Misiunea şcolii este aceea de a modela caractere în acord cu standardele morale ale lui Dumnezeu.
Liceul Teologic Baptist "Emanuel" îşi propune să ofere tuturor celor ce devin elevi ai acestei şcoli o educaţie creştină din perspectivă evanghelică specifică credincioşilor baptişti din România şi o pregătire ştiinţifică în conformitate cu standardele învăţământului preuniversitar din această ţară.

Considerându-L pe Dumnezeu ca find singurul capabil de-a schimba fundamental fiinţa umană, prin naşterea din nou săvârşită de Duhul Sfânt ca urmare a credinţei în Isus Hristos ca Fiu al lui Dumnezeu cele trei instituţii (familia, biserica şi şcoala) îşi reunesc eforturile spre a asigura elevilor condiţiile necesare luării celei mai bune decizii pentru viitorul lor în această lume şi în cea viitoare.

Aceste obiective urmăresc păstrarea competitivităţii acestei şcoli în contextul învăţământului preuniversitar din Oradea şi chiar din ţară şi creşterea prestigiului acestei şcoli în plan academic.
Pentru atingerea acestor obiective şcoala operează cu aceleaşi standarde ştiinţifice ca orice altă instituţie din cadrul învăţământului preuniversitar pentru ca notele obţinute de către elevii şcolii la Evaluarea națională şi Bacalaureat să permită Liceului Teologic Baptist "Emanuel" ocuparea unui loc important în ierarhia şcolilor bihorene.

În plan spiritual, şcoala urmăreşte dezvoltarea de către elevii ei a unei relaţii corecte a acestora cu Dumnezeu prin însuşirea acelor cunoştinţe teologice care facilitează o astfel de relaţie.
De asemenea conducerea şcolii, având în prim plan obiectivul enunţat mai sus îşi propune asigurarea pentru elevi a unui corp profesoral a cărui selecţie, pe lângă o bună pregătire profesională mai are în vedere şi o serie de criterii morale ce face din aceştia adevărate modele de conduită pentru cei pe care îi instruiesc.